Sai est le remplacement de Sasuke Uchiha dans l’équipe 7 de Kakashi Hatake, composé de lui-même, Naruto Uzumaki et Sakura Haruno. Le nom Sai lui est donné dans le but de rejoindre l’équipe 7, son nom réel étant inconnu. À un jeune âge, Sai était l’un des nombreux orphelins recrutés par Root, une organisation qui l’a formé à n’avoir aucune émotion pour lui faciliter la réalisation de missions. À un moment donné, il a rencontré un membre plus âgé de Root qui a pris le goût de sa capacité de dessin, et Sai est venu le considérer comme un frère au sein de l’organisation. Pendant leur temps ensemble, Sai a apprécié une vie de bonheur et attendait avec impatience le temps qu’il pouvait passer avec son frère entre les missions. Finalement, son frère est mort de maladie, tout comme la source de bonheur de Sai. Seul à nouveau, Sai est revenu au membre sans émotion de Root pour laquelle il avait été formé.
