Orochimaru, enfant avec ses anciens coéquipiers, Jiraiya et Tsunade, étaient des étudiants du troisième Hokage. En raison des compétences exemplaires des trois, ils sont connus comme les trois ninja légendaires ou simplement le Sannin. Les parents d’Orochimaru sont morts quand il était jeune, le laissant se débrouiller par lui-même pendant une grande partie de sa vie. Alors que sous la tutelle du tiers, le troisième a reconnu le talent naturel d’Orochimaru ainsi qu’une méchanceté et une soif de pouvoir dans Orochimaru. Le troisième a choisi d’ignorer ces traits, espérant qu’il pourrait réprimer cette partie de la personnalité d’Orochimaru. Malgré les efforts du troisième, Orochimaru a toujours maintenu ses ambitions sombres et a commencé à agir sur eux une fois en quittant le troisième.
Au fil des ans, Orochimaru a commencé à avoir envie d'immortalité, souhaitant utiliser la vie prolongée pour apprendre chaque jutsu existant. Pour atteindre les deux objectifs, Orochimaru a commencé à enlever les villageois et à expérimenter sur eux en secret, en essayant de trouver des moyens de prolonger sa vie et de reproduire le jutsu et les capacités qu'il ne pourrait jamais apprendre par lui-même. Pendant qu'il a effectué ces expériences, il a également tenté d'acquérir la position d'Hokage dans l'espoir qu'une telle position lui permettrait un accès plus facile au Jutsu secret. Bien que le troisième ait espéré passer le titre à son élève préféré, le désir d'Orochimaru de pouvoir et l'incapacité d'accepter les croyances requises d'un Kage l'a forcé à passer le titre à l'un des étudiants de Jiraiya. Volée sa seule raison de garder le visage dans le village de Konoha caché, Orochimaru a commencé à être moins discret avec ses enlèvements et ses expérimentations, permettant au troisième de découvrir finalement ce que faisait Orochimaru. Après avoir été découvert, Orochimaru a donné à son ancien maître la chance de le tuer, mais le troisième ne pouvait pas se résoudre à le faire et permettant ainsi à Orochimaru de s'échapper. Alors qu'il s'enfuit le village, Jiraiya, étant venu à penser à Orochimaru comme un cher ami, a essayé de l'arrêter et de le persuader de retourner dans un village de feuilles caché, bien qu'Orochimaru ait refusé et tourna le dos à Konoha pour toujours, acquérant une haine pour sa L'ancienne maison et un fort désir provoquent sa destruction. Après avoir quitté Konoha, Orochimaru a rejoint Akatsuki, où il faisait équipe avec Sasori. Bien que ce qu'il ait fait pendant qu'un membre de l'organisation est inconnu, il est connu qu'il a essayé de prendre le contrôle du corps d'Itachi Uchiha afin de gagner le Sharingan. Itachi a pu utiliser son Sharingan pour arrêter la tentative, puis a coupé sa main gauche comme punition. À la suite de cette rencontre ratée, Orochimaru a quitté l'organisation avec son anneau et un livre contenant tous les secrets de l'organisation, et Akatsuki l'a chassé depuis. À un moment donné, Sasori a inséré Kabuto Yakushi dans les rangs d'Orochimaru comme un espion, bien qu'Orochimaru ait rapidement pris conscience de cela et a persuadé Kabuto de se rallier à la place avec lui. Orochimaru reprendrait le pays des rizières où il a créé son propre village de Ninja, Otogakure, rempli de ninja fidèle à lui. Orochimaru a également construit un certain nombre de bases secrètes dans le monde de Naruto auxquelles il bascule sur une base hebdomadaire. Malgré tous ses efforts, Orochimaru est incapable de guérir ses bras et, en attendant, le sceau le laisse dans une douleur atroce. Dans un effort pour retrouver l'utilisation de ses bras, Orochimaru s'approche de son ancien coéquipier Tsunade, offrant de raviver son frère et son amant décédés en échange de l'aider. Elle décide finalement contre cela et l'attaque à la place, le forçant à utiliser son dernier recours à échapper au sceau du troisième. Enfin, décidant d'utiliser Sasuke, Orochimaru envoie son son quatre pour le chercher, prévoyant de prendre le corps de Sasuke à son arrivée. Bien qu'il attende aussi longtemps qu'il le peut, la douleur dans ses armes le fait transférer dans un corps que Kabuto a préparé pour lui. Coincé dans ce corps pendant les trois prochaines années, Orochimaru commence à entraîner Sasuke à son arrivée éventuelle, le formant dans le corps idéal tout le temps. Après deux ans et demi de formation de Sasuke, le corps actuel d'Orochimaru commence à lui échouer et il est obligé de commencer à contempler comment prendre le corps de Sasuke. Sasuke, cependant, n'est pas disposé à lui donner la chance et attaque un Orochimaru aligné. Forcé dans un coin, Orochimaru révèle sa vraie forme et commence le processus de transfert, bien que Sasuke, comme Itachi des années plus tôt, puisse utiliser son Sharingan pour l'arrêter. Se distinguant de son frère, Sasuke utilise également son Sharingan pour prendre le contrôle de la dimension au sein d'Orochimaru, tournant complètement le processus contre lui. Lorsqu'on lui a demandé plus tard par Kabuto sur le sort d'Orochimaru, Sasuke explique qu'il a repris Orochimaru et a conservé la possession de son corps. Après avoir absorbé Orochimaru, Sasuke est capable de guérir à un rythme plus rapide, une capacité qu'il attribue à la forme de serpent blanc d'Orochimaru. Alors qu'Orochimaru est considéré comme mort aux yeux du monde de Naruto, Kabuto a intégré ce qui est resté d'Orochimaru dans son corps pour tenter de se faire une entité encore plus forte qu'Orochimaru. Les restes semblent cependant avoir un certain degré de conscience, car ils l'ont depuis commencé à prendre lentement le contrôle de son corps.
