Kabuto Yakushi est le médecin, l’assistant et l’homme de la main de droite d’Orochimaru. Kabuto peut signifier le casque et est également la dernière partie du nom japonais pour l’aconite, une plante qui peut soit soulager la douleur ou tuer, tandis que les personnages de Yakushi signifient littéralement un utilisateur de médecine. En tant que jeune garçon, Kabuto a été retrouvé parmi les morts ennemis après la bataille de Kikyo par un médecin-chef de la cachette de l’unité médicale du village de Leaf. L’officier a ramené Kabuto avec lui au Village Hidden Leaf, l’a élevé en tant que fils et lui a enseigné le jutsu médical quand il a vieilli. Kabuto a agi comme un espion pour de nombreux villages et groupes différents pendant de nombreuses années avant d’être recruté par Sasori d’Akatsuki, qui l’a envoyé à Orochimaru.
Orochimaru l'a découvert, libéré Kabuto de l'influence de Sasori et a persuadé Kabuto de se ranger du côté avec lui. Kabuto a depuis utilisé ses nombreuses autres affiliations pour espionner Orochimaru; Lorsqu'il agit comme subordonné de Sasori, il est capable de recueillir des renseignements sur les actions d'Akatsuki. En tant qu'habitant du village de Konoha cachées, il est également en mesure d'acquérir le rang de Genin et de passer les examens de Chunin, en utilisant les premières phases de l'examen pour recueillir des informations sur ses collègues participants à l'usage d'Orochimaru. Bien que ses sources d'informations connues aient depuis été perdues, Kabuto reste avec Orochimaru et se bat en son nom chaque fois que cela est nécessaire. Malgré sa loyauté apparente envers Orochimaru, la véritable personnalité de Kabuto est difficile à discerner. Il change fréquemment face sans avertissement, passant d'un adolescent léger et poli à un maniaque tordu et sadique qui aime jouer à des jeux d'esprit avec ses adversaires. Orochimaru lui-même semble avoir du mal à déterminer les pensées de Kabuto, comme on le voit quand il ordonne à Kabuto de kidnapper Sasuke Uchiha et se demande si peut-être Kabuto tuera Sasuke à la place. Même dans ce cas, Orochimaru a une grande confiance dans la loyauté de Kabuto, riant de la perspective que Kabuto le trahirait. Alors que Kabuto obéit généralement aux ordres d'Orochimaru, il n'est pas au-dessus de la guérison des ennemis d'Orochimaru ou d'essayer de faire des conversations polies avec Naruto Uzumaki lorsqu'ils se rencontrent, dont la volonté d'essayer de surmonter le monstre en lui inspire Kabuto. Orochimaru a suggéré que Kabuto a des motivations différant des siennes, vues lorsqu'il lui demande de kidnapper Sasuke; Alors que Kabuto part pour effectuer la tâche, Orochimaru lui rappelle que tuer Sasuke est le seul moyen de l'empêcher d'atteindre ses objectifs. Alors qu'Orochimaru écrit rapidement cela comme une blague, Kabuto est visiblement secoué par la suggestion. Malgré ses motivations peu claires, Kabuto semble se contenter de suivre Orochimaru, intégrant même les restes d'Orochimaru dans son corps (qui ont depuis commencé à essayer de prendre le contrôle) comme un moyen de devenir plus puissant et de ne plus être le simple outil des autres.
